Numerose e di assoluto rilievo sono le opere lasciate in città da Giovanni di Pietro detto lo Spagna (post 1450 – Spoleto 1528). Attento e sensibile seguace del Perugino, ma anche sollecito interprete delle novità dell’arte di Raffaello, lo Spagna fu assai attivo in numerosi centri umbri. La sua abbondante produzione ebbe influenza specialmente sui pittori dell’Umbria meridionale, come testimoniano, tra l’altro, le innumerevoli opere di ambito spagnesco che decorano chiese ed edifici sacri dello Spoletino e della valle del Nera. Lo pseudonimo con cui è tradizionalmente noto è forse riferibile alle origini iberiche della sua famiglia. Nel museo è ospitata la grande ancona che nel 1522 dipinse per San Martino, replica di quella eseguita dieci anni prima per i frati di Montesanto a Todi e a sua volta desunta dalla grande “Incoronazione della Vergine“ dipinta da Domenico Ghirlandaio per gli Osservanti di San Girolamo a Narni nel 1486. Per la cappella di San Girolamo, annessa alla stessa chiesa di San Martino, il pittore aveva realizzato dieci anni prima il grande affresco con la “Vergine Assunta, angeli adoranti e i santi Girolamo, Giovanni Battista, Francesco d’Assisi e frate Leone“, su uno sfondo che raffigura la vallata umbra con la città di Foligno, simile a quello che realmente si apprezza dal complesso di San Martino. Nel 1518 l’artista venne chiamato a lavorare per la cappella dedicata a San Francesco nel Santuario della Madonna delle Lacrime. La decorazione, terminata due anni dopo, raffigura nel comparto centrale il Trasporto di Cristo al sepolcro e, nel catino absidale, una Teoria di angeli e monaci inginocchiati attorno ad un santo vescovo. Per questa chiesa vennero anche realizzate le tele con Santa Caterina e Santa Cecilia, in origine ospitate nella cappella dedicata alla prima delle due sante. Attualmente nel museo, i due dipinti, malgrado il precario stato di conservazione, rappresentano un aspetto piuttosto raro della cospicua produzione dell’artista, generalmente dedito alla tecnica ad affresco e ad olio su tavola.
