Insieme alle altre due isole, la Maggiore e la Minore, occupa il bacino del Trasimeno in cui la Polveseè la più estesa (54 ettari) e ricoperta da una folta coltivazione di olivi. Si ritiene che fosse popolata già prima dell’anno Mille, a causa della scarsa sicurezza delle sponde del lago. Nel 1026 Corrado II il Salico (990-1039), re di Germania, nel confermare i beni al monastero di San Gennaro di Campoleone (attuale Capolona di Arezzo), concedeva ad esso l’Isola Polvese con tutti i terreni già adibiti ad uso agricolo e con il diritto di pesca. Nel giugno 1060 Leta del fu Silvestro rinunciava a favore di Giovanni, abate del monastero di Santa Maria di Valdiponte (Montelabate), alla parte di terre ubicate nell’isola che gli spettavano in eredità. Nel 1139 la comunità si sottomise al console di Perugia Grinta de Ruzo dietro il corrispettivo di 1.000 tinche l’anno; nel 1260 il tributo passò a 200 quintali di grano. Nel 1279 buona parte del terreno era coltivato a vigneti dalle 88 famiglie residenti. Nel censimento del1282 l’insediamento era classificato come villa e tale resterà fino al 1438, anno in cui sarà denominato castrum, appartenente al contado di porta Sant’Angelo; nel 1456 e nel 1469 diventerà loco e nel 1499 di nuovo villa. Nel 1378 le tre isole furono vendute a Nicolò Pepe per 800 fiorini, quando ne valevano almeno 3.000. Nel 1384 fu occupata da Nicola e Michelozzo Michelotti, figli di Ceccolino, ma dopo pochi mesi Perugia la riconquistò.
A causa dei danni subiti (distruzione delle reti, delle barche e degli arnesi da pesca), nell’inverno del 1384 gran parte della popolazione abbandonò l’isola.
I pochi che restarono ottennero l’esenzione per 3 anni dalla tassa sul macinato. Nel 1410 vi dimoravano 83 abitanti e fu probabilmente in questo periodo che venne eretta la rocca a difesa della popolazione e dei religiosi olivetani di San Secondo i quali, tra il 1395 e il 1396, erano passati sotto la giurisdizione del monastero di Monte Morcino di Perugia. Nel 1437 intorno all’isola, a causa del freddo gelido e delle intense nevicate, le acque del Trasimeno si gelarono. Nel 1459 Pio II (Enea Silvio Piccolomini, 145864), ospite dei frati minori dell’Isola Maggiore, fece visita agli Olivetani della Polvese.
La rocca divenne sede del governatore del lago e nel 1643, durante la Guerra Barberina ebbe un cospicuo presidio militare al comando del capitano Martino Nini; la decadenza della struttura difensiva, comunque, era iniziata già nel 1625 quando Urbano VIII (Maffeo Barberini, 1623-44) aveva fatto trasferire i monaci presso il monastero di Sant’Antonio a porta Sole, a causa della malaria e del clima umido. Nel 1772 passò alla famiglia Baldeschi; nel 1780 Costanza Baldeschi, vedova di Luigi Donini,ristrutturò il palazzo oggi sede della Regione dell’Umbria, edificato nel 1716 da Filippo Donini che aveva costruito una fortuna economica nell’attività tessile e bancaria. Nel 1832 papa Gregorio XVI soppresse l’ordine degli Olivetani e i beni dell’isola passarono ai Camaldolesi che li vendettero al conte Vincenzo Pianciani di Spoleto il quale vi creò una riserva di caccia ricca di fagiani e lepri. Per oltre mezzo secolo i Pianciani vi organizzarono affollate battute di caccia alle quali invitavano tutta la nobiltà umbra e romana. Vincenzo aveva sposato, infatti, donna Amalia dei principi Ruspoli ed il 30 dicembre 1842 fu ascritto al patriziato romano; dall’unione nacquero il conte Luigi Pianciani (Roma 1810 Spoleto 1890), sindaco di Roma nel 1871, e il conte Adolfo, generale delle armi pontificie. Nel1893 la Polvese passò a Fernando Cesaroni (Tesi 1836-Perugia 1912), nel 1917 a Ugo Ojetti (Roma 1871-Firenze 1946), scrittore, critico d’arte e giornalista che aveva sposato una nipote del Cesaroni. Nel 1939 il nuovo proprietario Biagio Biagiotti (curatore del Cesaroni) vi edificò fabbricati e strade impiantandovi anche numerosi olivi. Dal 1954 al 1958 passerà ad un istituto di credito che nel 1959 la rivendette al conte milanese Giannino Citterio. La popolazione che nel 1881 era calata a 27 unità si ridusse progressivamente alla sola famiglia del custode il quale, investito del suo ruolo, vietava l’approdo a tutti i visitatori. Dal 1973 appartiene all’Amministrazione Provinciale di Perugia e nel 1974 è stata dichiarata oasi di protezione faunistica.
