Posta alla confluenza del torrente Sovara, al confine con la Toscana, in un paesaggio verdeggiante, la cittadina fu fondata dagli Umbri a cui subentrarono, poi, gli Etruschi.
Anticamente conosciuta con il nome di Monte Albano, la cittadina assunse l’attuale nome nel X-XI sec., probabilmente con l’edificazione del castello, per la presenza di serbatoi idrici (Cisterne=Citerna) esistenti sul luogo dove questi fu costruito.
Il territorio citernese fu densamente popolato anche in età romana come è attestato dai ritrovamenti (fittili, monete) rinvenuti tra Sanfista e Pistrino.
Nel 1310 fu sottomessa alla potente famiglia dei Tarlati di Pietramala, rimanendovi fino al 1340, poi, assieme a Città di Castello richiese la protezione dei Perugini. In seguito fu di nuovo assoggettata ai Pietramala, poi ai Malatesta e nel 1463 fu ceduta al pontefice Sigismondo Pandolfo Malatesta. Agli inizi del 1500 fu data in vicariato alla famiglia Vitelli di Città di Castello ( vi morì Alessandro nel quattrocentesco palazzo di famiglia) che, con alterne vicende e dopo averla arricchita di monumenti ed opere d’arte, la tenne fino alla fine del sec. XVI, passando poi definitivamente allo Stato della Chiesa.
Nel 1849 Citerna ospitò Giuseppe Garibaldi, che qui fissò il suo quartier generale (mentre si ritirava verso ravenna dopo la caduta della Repubblica Romana) presso il convento dei Cappuccini. Nel 1860, prima fra tutte le cittadine umbre, entrò a far parte del Regno d’Italia.Sopravvissuta al crollo dell’Impero Romano, nel VII sec, Citerna fu insediamento Longobardo e, dopo la sconfitta di questi ad opera dei Franchi, divenne dominio dei marchesi di Monte Santa Maria Tiberina e dei signori delluogo: i Da Citerna vassalli già nell’XI sec. dei marchesi di Monte Santa Maria Tiberina. Ai Da Citerna, nei secoli XI e XII, si unirono nel governo del territorio citernese i Da Montauto (Longobardi di Galbino), che governarono insieme fino a 1221, anno in cui Citerna si sottomise a Città di Castello.
